Sprawdź, czy nie masz ustawionych reguł sprawdzania wiadomości na takie, jak np.:

- przenoszenie wiadomości z danego konta do jakiegoś folderu - wtedy tam one mogą być, ale to może być również kosz i wtedy sorry Winnetou, jeśli masz autoopróżnianie kosza (nie mylić z autowypróżnianiem ;) ) podczas wychodzenia z programu;

- kasowanie wiadomości z serwera, jeśli pochodzą od jakiegoś konkretnego nadawcy, mają jakiś tekst w wiadomości, czy też pochodzą z danego konta lub coś jeszcze w tym stylu;

- kasowanie/przenoszenie wiadomości z załącznikami - ale to nie tłumaczyłoby znikania wiadomości bez załączników ;) ;

Druga rzecz, to możliwe (choć raczej mało prawdopodobne), że wina leży po stronie oprogramowania antywirusowego, który wrzuca cały plik z wiadomościami, np. do kwarantanny, bo wykrył w którejś wiadomości wirusa.

Radzę najpierw sprawdzić to pierwsze.

Co do odzyskania utraconych wiadomości, to nawet programy do odzyskiwania plików usuniętych tutaj nic nie pomogą, bo Outlook zapisuje wiadomości w pliku .pst - wszystkie w tym jednym, a więc nie da się chyba nic z tym zrobić (uświadomcie mnie, jeśli się mylę ;) ).
Sprawdź wszystkie inne katalogi, bo może któraś z reguł wiadomości przerzuca je do konkretnego folderu (mówię cały czas o folderach w samym Outlooku, a nie na dysku).

Napisz, czy to coś dało.

P.S.: Jeśli chcesz na przyszłość wyłączyć usuwanie wiadomości z serwera po ich ściągnięciu, to w ustawieniach konta musisz znaleźć tak właśnie nazwaną opcję i ją wyłączyć.