Sprawdź, jaki ciąg symboli znajduje się w wartości CLSID w kluczu HKEY_CLASSES_ROOT\PROTOCOLS\Filter\application/x–msdownload.
Czy taka sytuacja powtarza się przy okazji próby ściągnięcia dowolnego typu pliku (aplikacje, dokumenty, archiwa itp.) z dowolnej lokalizacji (http, ftp)?

W tej chwili to jedyne, co mi przychodzi do głowy :|.